Os Aterros Sanitários são áreas para a disposição final dos resíduos. Todo o material não separado, não aproveitado é encaminhado para estes locais. Os aterros Sanitários dispõe das mais avançadas técnicas e controles visando à proteção ao meio ambiente, diferentemente dos lixões e aterros controlados.
Aterro Bandeirantes
O Aterro Bandeirantes está localizado no km 26 da Rodovia dos Bandeirantes, em Perus, e teve o início das suas atividades em setembro de 1979, com capacidade inicial para armazenar 20.000.000 de toneladas (vinte milhões de toneladas), numa área de 850.00 metros quadrados. Desde então, passou por ampliações na sua capacidade de armazenamento (33.000.000 t- trinta e três milhões de toneladas em 1992) e em 2007 encerrou suas atividades com aproximadamente 40.000.000 t (quarenta milhões de toneladas). Atualmente todos os resíduos que seriam encaminhados para o Aterro Bandeirantes estão sendo agora recebidos pelo Aterro Essencis, em Caieiras.
Os gases do aterro, originados da decomposição da matéria orgânica, eram queimados nos drenos verticais e lançados na atmosfera. Visando evitar esta emissão e aproveitar estes gases, está funcionando a primeira usina de biogás – um projeto pioneiro que a Prefeitura desenvolve em parceria com a iniciativa privada, para aproveitamento do lixo na produção de gás. A usina gera energia elétrica que já abastece parte da população do entorno.
Após a inauguração da Usina Termelétrica em 2004, são captados cerca de 18.000 metros quadrados por hora de biogás, que são encaminhados aos motos-geradores, que funcionam 24/dia e 365 dias/ano. Esta quantidade pode resultar na produção de cerca 170 mil MWh de energia por ano.
Aterro Sítio São João
O Aterro Sítio São João fica localizado na Avenida Sapobemba, km 33,50, Suas atividades iniciaram em dezembro de 1992, com capacidade inicial de 9.410.000 (nove milhões de toneladas), em uma área de 456.000 mil metros quadrados. Até julho de 2005, foram depositadas 23.485.081,885 toneladas (vinte e três milhões e quatrocentos e oitenta e cinco mil e oitenta e uma toneladas) de RSD, o término da sua vida útil está previsto para o final de 2007, com armazenamento de 30 milhões de toneladas.